O Laboratório CQMED foi criado em 2015. É especializado noes estudos das fases iniciais de desenvolvimento de novos fármacos e de varredura de compostos. O Centro desenvolveu uma plataforma de descoberta de moléculas inibidoras de alvos específicos relacionados a doenças humanas que são também utilizadas para desenvolver proteínas recombinantes para diagnóstico e biotecnologia.
O CQMED está credenciado como Unidade EMBRAPII Fármacos/Biofármacos e integra o Programa Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia (INCT), apoiado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) e Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp).
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